真菌显微镜检查是通过显微镜观察真菌形态的检查。真菌按形态分为单细胞和多细胞两大类，单细胞真菌呈圆形或卵圆形，以出芽形式繁殖。多细胞真菌的菌丝和孢子随真菌种类不同而各异。部分真菌在显微镜检查时不需染色，在标本上滴加10%氢氧化钾溶液后湿片检查即可。部分真菌标本需用乳酸酚棉蓝染色、革兰染色、瑞氏染色、荧光染色或墨汁负染色后观察菌丝和孢子结构、荚膜结构等。

取疑似真菌感染的毛发或皮屑、脓液、痰等作为标本。

1.氢氧化钾湿片检查

取病损部位的皮屑、甲屑、脓液、痰等标本，置于载玻片上，滴加1滴10%～20%氢氧化钾溶液，然后加盖玻片并微微加热，使标本组织溶解透明，在显微镜高倍视野下观察真菌孢子和菌丝。

2.乳酸酚棉蓝染色浸片观察

在载玻片上滴加1滴乳酸酚棉蓝染液，用解剖针挑取少量真菌菌丝置于染液滴上，用细胞解剖针将菌丝分散，盖上盖玻片，用低倍镜或高倍镜镜检。由于乳酸酚棉蓝染液具有杀菌防腐作用，真菌菌丝不易收缩变形，孢子不易飞散，浸片不易干燥，能保持较长时间。

3.墨汁负染色检查

取一滴优质墨汁置于载玻片上与被检标本混合，盖上盖玻片，于高倍镜下观察，可见黑色背景上不染色的圆形或卵圆形酵母菌细胞，有芽生孢子，新型隐球菌外可见一层变厚、不着色荚膜。

直接显微镜检查对真菌病的诊断较细菌更为重要，凭借镜检所见菌丝和孢子形态可快速、简便检测真菌，对浅部真菌病、隐球菌病、皮肤病、皮肤黏膜假丝酵母菌等具有诊断意义。其次，直接显微镜检所见的真菌形态即为该真菌组织形态，且能确定某些致病真菌的属和种。但直接镜检也有其局限性，阴性结果不能排除真菌感染，其敏感度不如真菌培养。