原发性肝癌的发生原因有内源性和外源性两种因素。内源性因素是指机体内部结构和功能的改变，如遗传、免疫缺陷、代谢异常等；外源性因素是环境因素，包括自然界中各种致癌因素。肿瘤的发生发展是多因素相互协同的结果，而基因水平的异常是其中关键的原因。原发性肝癌的分子诊断可以采取肝肿瘤相关基因的检测、肝肿瘤相关病毒的基因检测和肝肿瘤相关标志物的检测等。

肿瘤相关基因包括癌基因、抑癌基因、肿瘤转移基因、肿瘤转移抑制基因等。

1.癌基因和抑癌基因的检测

正常细胞的生长与增殖是由两大类基因调控的，一类是正向调控信号，主要是起促进细胞生长和增殖，并且阻止其发生终末分化倾向，癌基因起着这一方面的作用；另一类为负向调控信号，主要是使细胞成熟，促进终末分化，最后是细胞凋亡，抑癌基因则在这方面起作用。正常情况下这两类信号保持着动态平衡，十分精确地调控细胞增殖和成熟。一旦这两类信号中有一类信号过强或过弱均会使细胞生长失控而导致恶变。大多数人类肿瘤如肺癌、胃癌、乳腺癌、结肠癌、肝癌等都已检测到癌基因和抑癌基因的缺失或者点突变，这些改变可以作为肿瘤的基因标志，在肿瘤分子诊断中有重要价值。

2.肿瘤转移相关基因的检测

除ras癌基因和抑癌基因，肿瘤相关基因中还有两类关系密切的基因，即肿瘤转移基因和肿瘤转移抑制基因，它们也可以用于肿瘤的分子诊断，尤其是判断肿瘤有无转移，对于临床治疗很有帮助。

肝炎病毒与肝癌的发生关系十分密切，其中乙型、丙型肝炎病毒已成为导致肝癌的确切因素。流行病学资料显示，人群HBsAg和HCV 抗体阳性率与肝癌的发病率和死亡率呈正相关。研究发现，肝癌细胞有整合HBV-DNA功能，激活原癌基因导致癌症发生。越来越多的研究表明，HBV的X基因与肝癌发生相关。HBV-X通过上调IL-6导致肝脏炎症并最终发生肝癌，如通过核酸干扰技术抑制表达X基因的肝癌细胞株，可明显降低其致癌性。

肿瘤标志物是肿瘤组织由于癌基因或抑癌基因和其他肿瘤相关基因及其产物异常表达所产生的抗原和生物活性物质，在正常组织和良性疾病时几乎不产生或产量甚微，它反映了肿瘤的发生发展过程及肿瘤相关基因的激活或失活程度，可在肿瘤患者组织、体液、排泄物中检测出来。此外，在患者机体内，由于肿瘤组织浸润正常组织，引起机体免疫功能和代谢异常，产生一些生物活性物质和因子，虽然这些物质和因子特异性低，但与肿瘤的发生和发展有关，也可用于肿瘤的诊断，因此也将其称为肿瘤标志物。

肿瘤标志物可粗分为癌胚抗原类、酶类、激素类、糖蛋白类、癌基因类和细胞表面肿瘤抗原类等6大类，前4类称为血清肿瘤标志物，后两类称细胞肿瘤标志物，目前已大都可用分子手段进行诊断。常见的肿瘤标志物有AFP、CA125等。