幽门螺杆菌分子生物学检查是利用分子生物学技术如生物芯片检测、原位杂交、聚合酶链反应（PCR）等进行幽门螺杆菌（Hp）感染检测、菌株鉴别、耐药性试验及流行病学研究的方法。

主要是获取待检标本。待检标本可为胃或十二指肠黏膜活检组织、胃液、牙菌斑、脱蜡后的组织切片或粪便。

1.生物芯片技术

（1）HpDNA芯片技术：

①根据检测目的进行探针设计：应注意：长度为40～60nt，避免内部发夹结构，避免探针相互配对，避免和人基因组形成过多配对。

。探针的种植：将合成好的探针用自动点样装置点于硝酸纤维素支持膜上。

②杂交样品准备：用PCR法扩增HpDNA，或用覆盖探针的引物扩增HpDNA。

③杂交及检测：样品热变性或碱变性后直接加到芯片上进行杂交反应，清洗后加入双链DNA特异结合荧光材料。

④基因芯片阅读仪阅读。

（2）Hp肽芯片技术

又称Hp蛋白芯片技术。与DNA芯片技术相似，此技术将多种Hp蛋白成分或对应的抗体分别固定在芯片片基上，同步检测多重Hp抗原或抗体成分。

2.原位杂交技术

（1）切片预处理：对切片进行复温、PBS（磷酸盐缓冲液）浸洗、乙酸酐酰化、盐酸处理、蛋白酶K孵育、PBS复洗。

（2）预杂交和杂交：预杂交液孵育、封闭液阻断、加热变性、冰浴、滴加杂交液、孵育过夜（16~20小时）、SSC（标准柠檬酸盐溶液）洗。

（3）显色：ABC免疫组化法显色。

3.聚合酶链技术

（1）制备模板DNA：样本加入TE液混匀、SDS（十二烷基硫酸钠）液及蛋白酶K液破坏细胞膜及结合于DNA上蛋白质、水浴、加入苯酚混匀离心、取上层水相，加入氯仿/异戊醇（24:1）混匀后离心、重复离心、取上层水相加入醋酸钠及无水乙醇、-30℃放置1h、离心、弃上清、70%乙醇洗涤、加入TE、-20℃保存。

（2）扩增反应：加入去离子水、缓冲液、dNTP（硫代磷酸二乙基硝酸酯）混合液、引物1、引物2、矿物油、模板DNA，瞬时离心后预变形、降温加入Taq（DNA聚合）酶、根据引物设定不同参数进行循环，结束后离心4℃保存备用。

（3）电泳凝胶分析：制备琼脂糖凝胶、产物与缓冲液混合、置凝胶于TAE液中、100V电压电泳30min、紫外灯下观察。

1.生物芯片杂交技术中DNA芯片技术可对Hp的标识基因、毒力基因进行快速、大规模筛查，为菌种鉴定、基因分型、快速诊断提供高效、快捷的技术手段，在基因水平上对相关菌株特征有更全面的了解；蛋白芯片技术可检测Hp的毒素蛋白、耐药相关蛋白、生物标志物等，为评估Hp感染的危险性提供依据。

2.原位杂交技术可用于研究治疗前后胃内Hp形态变异体的鉴定、细菌与胃黏膜的关系、明确Hp致病基因在胃上皮DNA中的整合情况等。

3.聚合酶链反应可用于Hp的分型并辨别其来源；临床多用来进行治疗后菌株复发和再感染的鉴别；检测Hp对抗生素耐药的突变位点；判断Hp对克拉霉素、阿莫西林、甲硝唑、四环素及喹诺酮类药物的耐药情况，提供抗生素选择方案。