美国Choo等人首次证实丙型肝炎病毒（HCV），并于1991年报道，对一株HCV毒株进行了全序列分析。根据各国专家调查病毒株核苷酸序列的差异，HCV已被分为十几种不同的基因型，但基因型的分类和命名至今尚未完全统一。

HCV的分型方法主要有PCR依赖的基因分型方法和血清型分型方法两大类。

1.基因分型方法

（1）全基因序列测定分型：是确定HCV基因型最直接、最准确的方法，通过全序列的测定，可以全面的分析不同的HCV毒株，再与其他已知基因型的HCV株进行核苷酸同源性比较，从而进行分型。此分型方法对样本要求高，不能大量进行，常用于研究工作。

（2）引物特异性PCR法后再作基因分型法：首先用一对通用引物，扩增产物为292个核苷酸，每个扩增循环为94℃变性1分钟，55℃复性1.5分钟，及引物延伸反应72℃2分钟，共进行35个循环。取第一次PCR反应产物进行第二次PCR，在反应混合物中有一个通用引物和4个型特异性引物。在第一次PCR扩增，选择能扩增出各型为同长的片段，再在此基础上利用型特异性引物进行第二次PCR，并根据扩增产物的长短进行分型。

（3）5’末端非编码区酶切分型：常用的方法是限制性片段长度多态性法的分型法，即利用不同基因型的HCV，分别有其特异性的切断基因序列的酶，切割后进行电泳可得到酶切后的特异片段图谱，并根据图谱进行分型。

（4）HCV NS5b基因分型：不同基因型NS5基因变异有一定的规律，以NS5b的PCR产物直接测序进行基因分型证实，1a、1b、2a、2b、3a、1b与2a和1b与3a混合感染等不同基因型，具有特异的限制性内切酶位点，可分别的采取酶切分型。

（5）以特异性核酸探针进行杂交分型：由Enomoto采用的HCV分型，即Ⅱ型和Ⅱ型PCR产物，其长度为400bp作为探针，与被检标本的PCR产物进行核酸分子杂交，其结果即可分为K1即Ⅰ型、K2a为Ⅱ型。操作复杂，成本高，不常采用。

2.血清型分型

（1）核心区Cp9阳性血清分型：选用HCV高保守区，分别合成1、2型肽。第65至81位氨基酸序列合成2条，具有17个氨基酸。先用5’末端非编码区引物的RT-PCR，得到阳性PCR产物，按常规酶标法测得抗-HCV Cp9阳性后，再分别对以上两条分别包被的肽进行再测定。

（2）加入NS4区合成寡肽建立检测丙型肝炎抗体分型试剂：用ELISA法来合成NS4区序列，合成的NS4区序列相当于第1690位至1719位氨基酸。将四条合成肽分别包被于酶标板，经4℃孵育过夜，用150mmol/L 的NaCl，0.05%的Tween-20清洗标板5次，常温封闭2小时后，将血清标本1:10稀释加入反应板，每一份标本分别加入包被不同抗原的4个孔内，为减少不同血清型抗-HCV的交叉反应，每孔内加相应抑制液5μL，常温振荡孵育1小时，加入辣根过氧化物酶标记的羊抗人IgG，常温振荡孵育1小时，洗板后再加入OPD显色剂100μL/孔，室温避光显色15分钟，在492nm波长下测定光密度，cut off值测定健康人血清，以光密度均值加2SE来确定检测结果。

1.基因型分布概况

全世界HCV基因型已公认的有Ⅰ/1a、Ⅱ/1b、Ⅲ/2a、Ⅳ/2b、Ⅴ/3a及Ⅵ/3b型。但还没有统一。我国情况，除Ⅱ/1b和Ⅲ/2a占大多数外，极少数地区有Ⅰ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ型存在。整体上看南方约占80%为Ⅱ型，北方50%为Ⅲ型。

2.流行病学意义

国内外均证明了HCV母婴传播的存在，母子所感染的型是一致的，也有人证明家庭内传播的可能性，主要传播途径为输血。

3.基因分型与抗病毒治疗效果的关系

不同基因型患者用干扰素治疗其疗效明显不同，Ⅲ型患者有效率可达85%，Ⅳ型患者有效率可达70%，而Ⅱ型患者仅有40%。

4.基因分型与疫苗研究的关系

HCV RNA基因组变异很大，尤其是编码外壳蛋白E区变异，且地域性不同导致的基因型差异为疫苗研制带来了困难。