肝病基因诊断是利用分子生物学及分子遗传学的技术和原理分析人类基因及基因表达产物以诊断肝脏疾病的方法，又称肝病分子诊断。其为遗传性肝病及肝病遗传因素的检测提供了一种准确、客观、安全、无创的疾病诊断新方法，具有高特异性、高灵敏性、适用性强、诊断范围广及可早期诊断的优点。

1.直接诊断方法

用于致病基因或致病突变位点已确定的单基因遗传性肝病。

（1）实时荧光定量聚合酶链反应：检测基因突变导致基因表达异常，若与等位基因特异性引物或特异性探针相结合也可用于绝大多数基因突变位点的检测。

（2）致病基因测序：诊断基因突变的金标准，是遗传性肝病临床研究与诊断的最常用方法，该类疾病多数基因突变集中在外显子及与外显子交界的内含子区域。

（3）基因芯片技术：利用核酸杂交的原理，将数百至数万的已知致病突变特异性检测探针固化在介质上，进而与基因组DNA进行杂交确定致病基因突变，具有快速、高通量、敏感、

经济、平行化和自动化等特点，临床已用于肝豆状核变性基因突变的检测。

（4）全基因组外显子捕获技术：捕获人类基因组几乎全部的外显子，并进行直接序列检测。具有很强优势，甚至只需一个家系及两个患者就能确定并定位致病基因。

2.间接诊断方法

用于致病基因未知或未能克隆、基因序列尚未确定、致病突变位点不明确者。因无法设计聚合酶链反应引物或制备特异性探针，只能借助与致病基因关联的遗传标志进行连锁或关联分析，临床应用较少。

1.按照遗传学分类方法肝脏疾病可分为单基因遗传性肝病及多基因遗传性肝病，基因诊断在前者已应用多年，后者应用则较困难。随着遗传学技术的进步及对肝脏疾病遗传致病机制的认识，基因诊断已开始用于多基因遗传性肝病的诊断。

2.临床用于单基因遗传性肝病的检测方法多为致病基因测序法。大部分肝病为多基因遗传性疾病，已确定与多基因遗传性肝病相关的易感基因有胆石症（ABCG8基因Asp19His变异）、肝纤维化（AP3S2、AQP2、AZINl、DEGSl、STXBP5L、TLR4、TRPM5等）、非酒精性脂肪肝（PNPLA3基因Ile148Met变异及FDFTl基因）、原发性胆汁性肝硬化（HLA-DQB1、IL-12、IL-12RB2等）等。

3.按照酶的缺陷和代谢途径可将单基因遗传性肝病（遗传代谢障碍性肝病）分为七大类：① 糖类代谢病；② 脂类代谢病；③ 氨基酸代谢病；④ 血浆循环蛋白代谢病；⑤ 金属元素代谢病；⑥ 肝卟啉代谢病；⑦ 胆红素代谢病等。