腺病毒性肠炎由肠腺病毒感染所引起。肠腺病毒主要感染小肠。肠黏膜上皮细胞绒毛变小、变短、细胞变性、溶解，肠黏膜固有层单核细胞浸润。

肠腺病毒是指腺病毒40及41型，这两型腺病毒主要侵袭小肠引起胃肠炎而得其名。形态与普通腺病毒一样，直径70～80纳米，核心部分40～45纳米，内含双链直线形脱氧核糖核酸（DNA），核心有衣壳；无脂性包膜。另外腺病毒31型也可引起腹泻。世界卫生组织（WHO）已确认肠腺病毒为引起儿童病毒性腹泻的第二重要病原。

潜伏期3～10天，多为7天。患儿以腹泻为主要表现，每日数次至十次，稀水样便，持续1～2 周，平均8～9天，少数可持续3～4周。70%患儿伴有呕吐，40%患儿以发热起病，伴有腹泻。体温38℃以上，2～3天后热退。部分患儿可同时有鼻炎、咽炎、气管炎等上呼吸道感染症状。3%～6%有肺炎表现。

采集患儿粪便，用电镜或免疫电镜检查病毒颗粒，用酶联免疫吸附实验（ELISA）法或间接免疫荧光法检查病毒抗原。

临床诊断较困难，无法与其他病毒性胃肠炎区别，依赖于实验室检查确诊。

参见轮状病毒胃肠炎治疗，以支持、对症治疗为主。